水産物の陸揚げから流通までを一貫して管理し、食品の安全性の確保と信頼性の向上を目的とした「衛生管理型荷捌き所」として機能させるため、施設内の各エリアの区分及び動線の明確化、防虫・防鳥・防鼠対策の徹底等を考慮した計画としている。
2階部分には見学エリア・実習エリアを設け一般の来場者も気軽に利用できるよう配慮した。また、清浄海水導入施設・汚水浄化施設など衛生面に配慮した給排水設備を整備している。